PubMed【東邦版】の使い方
- 更新日：2022/11/15
検索の基礎知識
PubMedは，以下に挙げるような複数のNLMの文献リソースが含まれています。
- MEDLINE：PubMedのメインコンテンツです。生物医学を中心としたライフサイエンス分野の雑誌記事に，MeSH(Medical Subject Headings)やその他情報が索引付けされているデータベースです。
- PubMed Central(PMC)：NLMの運営する生物医学およびライフサイエンス分野の文献のフルテキストアーカイブです。NLMが審査して選んだ雑誌に掲載された論文と，資金提供者のポリシーに準拠して収集した個々の論文が収載されています。
- Bookshelf：生物医学・健康・生命科学に関連する書籍，レポート，データベース，その他の文書のフルテキストアーカイブです。PubMedにはこれらのデータのうち，書籍とその章のデータが収載されています。
A：探したい文献のキーワードや著者名などを入力する検索ボックス（Search Box），検索ボックスの下に詳細検索（Advanced）へのリンクがあります
B：PubMedの概要やユーザーガイド，各種ツール，MeSHデータベース，NLM Catalog（NLM収載の逐次刊行物、図書、視聴覚資料、電子リソースなどの書誌情報データベース）などのリンクがあります
C：Trending Articles 直近で利用（アクセスなど）が多いレコードが表示されます
Latest Literature アクセス数の多い雑誌の新着記事が表示されます
[参考]PubMed Overview(Accessed:2020/04/27)
論理演算
データベースの検索でキーワードを組み合わせるには，論理演算子を使います。
論理演算子のAND, OR, NOTが使用できます。演算子は大文字で入力します。
ANDとORは掛け合わせの順番が違っても結果は同じですが，NOTは順番により結果が異なるので注意が必要です。
例）
#1 AND #2 #1 と #2 の両方のキーワードを含む文献
#1 OR #2 #1 か #2 のキーワードのどれかを含む文献
#1 NOT #2 #1 を含むもののうち #2 を含むものを除いた（#2を含まない）文献
検索語の入力規則
文字入力の規則
- 文章でなく，単語で入力します 例： Targeted therapy in breast cancer → breast cancer therapy
- 半角スペースは[AND]として検索が行われます 例： breast cancer therapy ※breast AND cancer AND therapy と同じ検索ができます
- 大文字、小文字の区別なし
- 著者名は姓（フル）+名（イニシャル）+ ミドルネーム（イニシャル） 例）Smith R
- 記号やアポストロフィー（'），アクセント記号（ウムラウト，アクサンテギュ）は省略
例）Behcet’s syndrome → behcets syndrome， Früst → furst OR foerst， épidémiologie → epidemiologie - ハイフン（-）はそのまま入力して構いません 例）high-risk → high-risk
- ギリシャ文字は読みの英語綴りで 例）β-galactosidase → beta galactosidase
- 検索対象外のストップワードあり 例）a, about, always, if, kg, than, without…
熟語の入力は語をスペースでつなぐ、または”（ダブルクォーテーション）”で囲みます。
- 語をスペースで繋いだ場合の検索
例）drug therapyで検索
→ "drug therapy"[MeSH Subheading] OR ("drug"[All Fields] AND "therapy"[All Fields]) OR "drug therapy"[All Fields] OR
"drug therapy"[MeSH Terms] OR ("drug"[All Fields] AND "therapy"[All Fields])
※"drug therapy"という熟語を含む文献に加え，"drug"と"therapy"両方の単語を含む文献，
"drug therapy"の類義語を含む文献も自動的に検索されます。 - ダブルクォーテーションを使用した場合の検索
例）drug therapyで検索 → "drug therapy"
※"drug therapy"という熟語を含む文献のみ検索できます。
前方一致は語尾にアスタリスク（*）をつけます。 （” ”内の*もNewPubMedでは使用できるようになりました）
単数形と複数形を一緒に検索するなど，語尾変化のあるキーワードをまとめて検索したい時には，語尾にアスタリスク（*）を付けます
アスタリスク(*)の使用は4文字以上の文字列に有効です
例）inhibit* → inhibit, inhibits, inhibiting, inhibited…
[参考]Truncating search terms : PubMed help
検索対象フィールドの限定
検索するフィールドを指定することによって，意図と異なる検索結果を減らすことができます。
[ ]でタグを付けることで検索する項目を指定した検索ができます。
タグの例）
- タイトルとアブストラクト(抄録)：[tiab] 例）breast cancer[tiab]
- 言語：[la] 例）english[la]
- 出版年：[dp] 例）2020[dp]，2019:2020[dp]
お手軽検索
検索支援機能
- 検索語候補の表示
検索語を入力すると、検索語候補がプルダウンで表示されます。
- スペルチェック機能
スぺルミスの場合、候補語の検索アラートを表示します。
検索結果の見方
詳細検索(Advanced)
2つ以上の言葉を組み合わせて検索するには、「Advanced Search」を使います。
検索対象フィールドの限定した検索や検索結果のかけ合わせ（履歴検索）をしたい時に便利です。
検索式ビルダー(PubMed Advanced Search Builder)
１．検索ボックス下の「Advanced」をクリックし，詳細検索（PubMed Advanced Search Builder）画面に遷移します。
Advanced Search Builderには，上方に検索キーワードを入力するボックスがあります。このキーワードを中央のQuery boxに追加し，検索を行います。
下方にはHistory and Details（履歴と検索詳細）が表示されます。
２．Add terms to the query boxで検索フィールドを選び，キーワードを入力します。
デフォルトでは[All Fields]（PudMedでの検索が可能な項目内すべてを検索）になっています。
Query Boxに直接入力することもできます。
３．右側のプルダウンメニューから[Add with AND]，[Add with OR]，[Add with NOT]を選択すると下方のQuery boxに検索式が作成されます。
[ADD]はプルダウンすると AND,OR,NOT が選択できます。
４．式が完成したらSearchまたはAdd to Historyで検索します。
Search:検索して検索結果一覧を表示します。
Add to History:検索結果をHistoryに追加します。（検索結果画面に遷移しません）
履歴と検索詳細(History and Search Details)
Historyでは，それまで検索したキーワード，検索した時刻，見つかった文献数に集合番号が付けられた形で下から順に表示されます。集合番号は#1，#2など「#」が付いています。
履歴のナンバリングはNCBIの他のリソースと共有しているので、PubMed上は番号が飛ぶことがあります。
この履歴を使って新しく検索式を作ることも可能です。
検索履歴に示された各検索の番号（#で始まる番号）を論理演算子（AND, OR, NOT）で組み合わせて検索をします。各検索結果の集合番号の右にある「・・・」(Actionsの列)をクリックして表示されるAdd queryをクリックすると，Query boxにキーワードが追加されて自動的に検索式が作られていきます。
検索結果の見方
検索結果画面
検索を実行して文献が見つかると，それらの文献情報が自動的に画面に表示されます。表示形式のデフォルトは，Summary形式（文献タイトルや著者・掲載誌，スニペット），1ページ10件，検索式の適合度[Best match]順です。
- スニペット：検索キーワードに関連が深い記載部分を抄録から抜粋して表示。検索に用いた語句が太字に強調表示されます。
- Best match：Best Matchのランキングは，利用者の過去の検索ログから得られたデータに用いた機械学習アルゴリズムにより，精度の向上が継続的に図られるとのことです。検索キーワードとPubMedが持つレコードの一致度が重視されますが，そのほか文献タイプ，出版年や明確な検索のいずれかも考慮されます。
[参考]Updated Algorithm for the PubMed Best Match Sort Order(Accessed:2020/04/27)
検索結果の表示形式/表示順/表示文献数を変更する
「Display options」から，検索結果のFormat(表示形式)，並び順(Sort by)，1ページ内の文献数（Per page），抄録のスニペットの表示（Abstract snippets）を設定することができます。
デフォルトでは，表示形式は"Summary(論文の詳細は表示しない)"，並び順は"Best Match(適合度)"，1ページ内の文献数は"10"，抄録の一部が表示される設定になっています。
Abstract形式
表示形式をAbstractに変更すると，抄録も一覧表示できます。FULL-TEXT LINKSの個所に[Link@東邦大学]が表示されます
ページ移動する
画面一番下までスクロールし，[Show more]ボタンまたはその横の[JUMP TO PAGE]をクリックするとページが移動できます。
詳細表示画面
読みたい文献情報をクリックすると，抄録を含んだその文献のすべての情報を表示する画面に切り替わります。
書籍の引用の場合，引用セクションへのフルテキストリンクがある場合，表示しています。
抄録が多言語で入手可能な場合はデフォルトを英語表示とし，言語の変更をオプションとして表示しています。
この文献のように，原文で使用されている言語が英語以外の場合，翻訳されたタイトルは[ ]でくくられて記載されます。
また一つ以上のClinicalTrials.gov，GenBank，figshare，Dryadなどの二次情報のデータベースとアクセッション番号がある場合はAssociated dataも表示されます。（フィルターでAssociated dataがある文献のみに絞り込み可能）
[参考]New Features in PubMed Labs: Email and Save Citations, Find Associated Data, and More(Accessed:2020/04/27)
検索結果の保存
検索結果の保存には3つの方法があります。
1. クリップボード機能を使った一時的な保存
クリップボードは，1つまたは複数の検索結果から最大500個のアイテムを一時的に保存できます。クリップボードに保存されたアイテムは，未ログインの場合，最後の検索から8時間後にリセットされます。この機能を使うためには，使用中のブラウザでCookieの設定を有効にする必要があります。
- チェックボックスを使用して，検索結果から文献を選択します。すべての検索結果（最大500件まで）を保存するには，チェックボックスにチェックを入れずに2へ進みます
- [Send to]ボタンをクリックし，[Clipboard]を選択します
- 文献が選択されていない場合は，オプションのドロップダウンメニューが表示されます。Sellectionメニューから保存したい条件を指定し，[Send]ボタンをクリックすると，選んだ文献がクリップボードに追加されます
クリップボードに保存した文献を表示するには，検索ボックス下にあるクリップボードリンクをクリックします。このリンクは，1つ以上の項目がクリップボードに追加された後にのみ表示されます。
クリップボード内の集合番号は，#0で表され，、ブール検索文で使用することができます。例えば，クリップボードに集めた文献集合を英語の記事に限定するには，次のように検索します。
#0 AND english [la]。前述の検索(#0 AND english)は，クリップボードの内容に影響を与えたり，置き換えたりするものではありません。
2. My NCBI Collections機能を使った保存
検索結果はコレクション機能を使ってMy NCBIに保存することができます。My NCBIに保存できるコレクションの数に制限はありません。さらに，コレクションを公開して他の人と共有することもできます。
My NCBIに登録すると6カ月以内に実行した検索式の確認，定期的・自動的に検索結果を電子メールで送信する設定，Filters の設定などPubMedをカスタマイズすることができます。
- My NCBIにサインインし，PubMedで検索を実行します
- チェックボックスを使用して，検索結果またはクリップボードから文献を選択します。すべての結果（最大1,000件まで）を保存するには、チェックボックスにチェックを入れずに2へ進みます
- [Send to]ボタンをクリックし，[Collection]を選択します
- 文献が選択されていない場合は，オプションのドロップダウンメニューが表示されます。Cellectionメニューから保存したい条件を指定し，Create a new collectionまたはAdd to an existing collectionで追加するコレクションを選びます。新しくコレクションを作る場合，コレクション名を入力し[Add]ボタンをクリックすると，選んだ文献がMy NCBI Collectionに追加されます
コレクション名は100文字以内です。
コレクションの表示，ソート，編集，マージ，共有，削除の方法については，MyNCBIヘルプをご覧ください
3. テキストファイルとして保存
テキストファイルにダウンロードするには，[Save]ボタンを使用します。上限は10,000件です。
- チェックボックスを使用して，検索結果またはクリップボードから文献を選択します。選択しない場合は，Selectionメニューから「このページのすべての結果」または「すべての結果」を選択して保存することができます。
- Formatメニューから，Summary (text), PubMed, PMID list, Abstract (text), CSVのいずれかの形式をプルダウンから選択して[Create]をクリックしてください。
- ブラウザが保存する場所を聞いてくるので，保存場所を指定してください。ブラウザの設定によっては，予め指定された場所にファイルがダウンロードされる場合もあります。
そのほか，検索結果をEmailで指定したアドレスに送信したり，[Send to ]からCitation manager機能を選び，EndNoteなどの文献管理ソフト用ファイルを生成することもできます。
文献を入手する
電子リソースポータル「PubMed【東邦版】」の 検索結果から文献を入手するをご覧ください。
検索のヒント【Q&A】
Q1. 検索結果が多すぎる場合
A1. 検索キーワードを見直す，フィルター機能を使って絞り込み条件を追加して絞り込む（Q3参照），検索キーワードを追加するなどの方法があります。
- 検索キーワードを見直す 例）「back pain」を「low back pain」に変更して検索
Q2. 検索結果が少なすぎる場合
A2. 検索キーワードから不要なキーワードや特定するようなキーワードを削除する，類義語（同じ概念の用語）をORで追加してみるなどの方法があります。
Q3. 最近発行された文献に絞りたい
A3. サイドバーのフィルター機能を使い，文献の発行年で絞り込みをすることができます。
検索を行うと，検索結果の左側にフィルターが現れます。ここのフィルターのPublication Dateの任意の年をクリックすると，選んだ範囲に出版された文献に絞り込まれます。
1年，5年，10年以外の期間を指定したい場合は，「Custom Range」をクリックし，開始・終了年月日を指定して検索します。
または，フィルター画面上のResult By Yearで期間を選択して変更します。
Q4. 特定の雑誌に載っている文献を探したい
A4. 検索ボックスに雑誌の情報を入力して検索する方法と，Single Citation Matcherを使う方法があります。
- 雑誌のフルタイトルを入力する
- 雑誌のフルタイトルを入力する 例）molecular biology of the cell
- 雑誌の略誌名を入力する 例）mol biol cell
- ISSNを入力する 例）1059-1524
- Single Citation Matcher
- PubMedのトップ画面にある「Single Citation Matcher」をクリックします。
- 雑誌のタイトルや巻号などから検索を行います。雑誌のタイトルは，略誌名の入力でも，プルダウンでフルタイトルが予測表示されます。
