PubMed その2その1よりつづく)
Last modified 23/Aug/2008

Limits (絞り込み)

 検索結果を絞り込みたいときに Limits を使います。
[ フィーチャータブ ]の “Limits”の文字をクリックします。

次の10項目について絞り込みができます。 それぞれの項目をプルダウンメニューより選択して Limits を設定したら、 「 Go 」ボタンをクリックします。
 このとき、フィーチャータブ の Limits 左のボックスにチェックが入り、 黄色い帯に設定した項目が表示されます。Limits を解除したいときは、このチェックをはずし、 「 Go 」ボタンをクリックします。
*注意:[PubMed - in process] と[PubMed - supplied by publisher] の文献(主として最新のもの)は「論文のタイプ (Publication Types)」「ヒトの年齢 (Ages)」 「ヒトか動物か (Human or Animal)」「性別 (Gender)」のデータがまだ付与されていないため、 新しい文献を検索したい場合はこれらの項目で絞り込むことはできません。

なお、Limits の操作がワンクリックでできる[ フィルタータブ ]を設定することができます。


主な検索項目とタグ
検索項目 タグ 備    考
Affiliation [AD] 筆頭著者の所属, 助成金番号
Afticle Identifier [AID] doi (デジタルオブジェクト識別子)のような雑誌出版社から提供された論文識別子を含む
All Fields [ALL] Automatic Term Mapping で該当しなかったキーワードについて、全ての項目での検索が行われる
Author [AU] 著者名
EC/RN Number [RN] EC番号/CAS Registry Numbers
Entrez Date [EDAT] 文献が PubMed に収録された日
Filter [FILTER] (LinkOut関連)
Issue [IP] 号数
Journal [TA] 雑誌名
Language [LA] 記事本文の言語
MeSH Date [MHDA] MeSHが付与された日付
MeSH Major Topic [MAJR] MeSH Term の内でも、その文献で最もメインに論じられているトピックス
MeSH Terms [MH] 各文献に付与されたMEDLINEの統制語
Pagination [PG] 始まりのページ
Publication Date [DP] 出版年月日
Publication Type [PT] 記事のタイプ
Publishing Model [PUBM] Article's model of print or electronic publishing
Secondary Source ID [SI] 分子配列記事のデータベース名と登録番号
MeSH Subheading [SH] サブヘディング,副標目
Subset [SB] 分野やデータの作成段階 in process [sb]   publisher [sb]
Substance Name [NM] 化学物質名
Text Word [TW] title, abstract, MeSH terms, subheadings, chemical substance names, personal name as subject, and MEDLINE Secondary Source 中の語が対象となる
Title [TI] 論題(title)中の語が対象となる
Title/Abstract [TIAB] 論題(title)、抄録中(abstract)中の語が対象となる
Unique Identifiers [PMID] PubMed の登録番号。
Volume [VI] 巻次

参考:
Search Field Descriptions and Tags (この他の項目とタグ一覧)
MEDLINE®/PubMed® Data Element Descriptions (補足説明)

Publication Types[PT] の選択肢一覧
  • Clinical Trial
  • Editorial
  • Letter
  • Meta-Analysis
  • Practice Guideline
  • Randomized Controlled Trial
  • Review
この他にも Publication Type があります。
 ↓ 
 一覧はこちら
Publication Types)
Limit のプルダウンメニューから選択することはできませんが、 "Journal Article"[PT]のように入力して検索することができます。

解説付一覧:Publication Types - Scope Notes (単行書用のPublication Types を含む)

*Randomized Controlled Trial と Controlled Clinical Trial (表外) のPTは、コクラン共同計画との協力により付与されています。
(Question: How does NLM cooperate with the Cochrane Collaboration?)


Subsets の選択肢一覧

参考資料
  PubMed Subset Strategies

Preview/Index

[ フィーチャータブ ]の “Preview/Index”の文字をクリックすると、 図の画面が開きます。

図3

Preview/Index


Clipboard

 検索した文献から必要な文献を500件まで選択して、数種のフォーマット〔書誌事項のみ、 抄録付き等〕で表示、印字、ダウンロードができます。
特にテーマの異なる複数の検索をし、その結果をまとめて表示、印字、ダウンロード、 複写の依頼をしたい時に便利です。
  1. [ 文献リストの表示 ] の画面で文献の左のボックスにチェックします。 ページを替えてもこのチェックは記憶されます。チェックをしないと最初の500件がクリップボードに入ります。
  2. "Send to"のプルダウンメニューから「 Clipboard 」をクリックします。 選んだ文献が Clipboard に入り、Clipboardタブにアスタリスクが表示されます。また、Clipboardタブにマウスカーソルを合わせると、Clipboard に集めた文献数が表示されます。
  3. 一つの検索を行う毎に 1~2の操作をします。 次の検索に移るとその前のチェックは記憶されません。
  4. 検索が済んだら、[ フィーチャータブ ]の “Clipboard”の文字をクリックします。Clipboardにためた文献がまとめて表示されます。

Details(検索式の確認)

 検索した結果が今ひとつ良くない、たとえば不要なもの(ノイズ)が多い、 逆に必要なものが見つからない、という時は検索式の確認をしてみましょう。
 [ フィーチャータブ ]の “Details”の文字をクリックすると図の画面が開きます。PubMedのシステムが、入力されたキーワードを どのように判断して結果を出しているかを見ることができます。

Details

上の例では、"breast cancer" と入力したところ、次の4つを満たす文献を探してきていることがわかります。
  1. breast cancerという語から変換されたMeSHでMeSHフィールドを検索した文献
  2. breast cancerから変換されたMeSHに含まれる単語を全フィールドで検索したしたものをかけあわせた文献
  3. breast cancerに含まれる単語を全フィールドで検索したものをかけあわせた文献
  4. breast cancerを全フィールドで検索した文献
 このようなシステムの判断が不適切である場合は、ここで書き換えることができます。 「 Search 」ボタンをクリックすれば書き換えた検索式で再検索してくれます。
 また、LimitsIndexで探すべき検索項目を指定したり、 MeSH Databaseを使って、より適切な文献を検索させます。

検索式の登録と再検索

 PubMedでは検索式を登録しておいて、後日再検索することができます。
  1. 上図 Details の画面で「 URL 」ボタンをクリックします。 すると検索式が入力ボックスに記入された画面になります(下図)。
  2. この画面でブラウザのブックマーク(お気に入り)に登録します。
  3. 再検索するときは、ブックマーク(お気に入り)から呼び出すだけで、同じ検索をしてくれます。
Save Strategy


注意:Historyで番号を用いた検索式 (e.g., (#1 or #2 AND human[mh]])は保存できません。
なお、複数の検索式を管理したり、定期的に新しい文献を見たいときには [ My NCBI ] が便利です。

Take Note チェックポイント

MeSH Database


 MeSHとは: 文献検索で、もれがなく、かつ、適合した文献を得るためには適切なキーワードを用いることが大切です。このために、従来MEDLINE (Index Medicus)では MeSH (Medical Subject Headings, 医学件名標目表)が用いられてきました。
 また、副標目(Subheading)を組み合わせることにより、ノイズのないより的確な文献を探すことができます。
  PubMedではAutomatic Term Mappingという機能が働いているため、思いついたキーワードを入力してもMeSHに導いた検索をしてくれます。けれども、下の例のようにノイズが多かったり思うような文献が得られないときには、MeSHの使用を検討します。
 たとえば、「口腔に転移した肺癌」についての論文について考えてみます。「mouth cancer AND metastasis AND lung cancer」のような検索をしてみても、肺と口腔に重複した癌や、肺に転移した口腔癌も多数含んでしまうため効果的な検索とは言えません。MeSHと副標目「secondary(二次性)」を使った下の検索式が勧められます。secondary は腫瘍が転移している二次的な場所を示す副標目ですが、腫瘍以外の疾患に用いることはできません。
 副標目にはほかに adverse effects(副作用)、diagnosis(診断), surgery(手術), pathology(病理)などがあります。

「口腔に転移した肺癌」についての検索



この検索を実行するのには下記の検索式を入力ボックスに書き込んでも良いのですが、PubMed では MeSH Database により適切な MeSH を探し、副標目を組み合わせることができます。 図①~②の順に操作をすすめます。

"Mouth Neoplasms/secondary"[MeSH] AND lung neoplasms

 サイドバーから “MeSH Database”をクリックすると 図①の画面が開きます。
 または http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=mesh から直接アクセスできます。

MeSH Database のメインページです。ボックスに探したいキーワードを入力して 「 Go 」ボタンをクリックします。 MeSH Browser


②-1 ①で入力した語から推測されたMeSHの候補語がリストされます。
MeSH List副標目を選ぶときは②-2に進みます。

MeSHを選ぶだけであれば、いずれかの語の左にあるボックスにチェックを入れ、 " Search Box with AND"の左の「 Send to 」ボタンをクリックします。
*ここで複数のMeSHを選ぶこともできます。その場合は" Search Box with AND" のプルダウンメニューから" Search Box with AND"、" Search Box with OR"、" Search Box with NOT"を使い分けて「 Send to 」ボタンをクリックします。



②-2 ②-1の画面でMeSH をクリックします(この例では Mouth Neoplasms )。画面が変わって、選んだ MeSH の説明、Subheadings、同義語のリスト、上位概念、下位概念を含むツリーが表示されます。

MeSH Subheadings

Subheadings や 「Restrict Search to Major Topic headings only」、「Do Not Explode this term」にチェックを入れたときも②-1に同じく " Search Box with AND"の左の「 Send to 」ボタンをクリックします。



上図のつづき

MeSH Tree上位概念、下位概念を含むツリーが表示されます。 ツリーは複数表示されることもあります。
ツリー中の他の語を選び直すこともできます。その場合は②-1に戻ります。



他にもMeSHを探す場合は、画面のボックスにキーワードを入力して①~②を繰り返します。
適切なMeSHの選択がすめば、 「 Search PubMed 」ボタンをクリックして文献検索画面に戻ります。 MeSH End

検索画面に戻ると入力ボックスに 「"Mouth Neoplasms/secondary"[MeSH]」と書き込まれていますので、「 AND lung neoplasms 」を書き加えて「 Go 」ボタンをクリックします。 掛け合わせはほかに [ 掛け合わせ ] のやり方もあります。




Journals Database


 雑誌名から探したいけれどつづりがうろ覚え、または、文献を引用するのに略誌名を知りたいとき、Journals Database が便利です。 サイドバーから Journals Databaseを選ぶと図の画面が現れます。
 または http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=journals から直接アクセスできます。

Journal Browser

  1. ボックスに探したい雑誌名の一部を入力して「 Go 」ボタンをクリックします。
      入力の例
    フルタイトル  New England Journal of Medicine
     (of を略したり、省略形のMed でもOK.)
    略誌名  N Engl J Med
    ISSN  0028-4793
     (真ん中の “-” も必要です。)

     画面が変わって、 ヒットした雑誌の TitlepISSN(印刷版の国際逐次刊行物番号)、 eISSN(オンライン版の国際逐次刊行物番号)、略誌名(Title Abbreviation)などが表示されます。
     このうち Titleをクリックすると、その雑誌の創刊年や出版者などの情報を見ることができます。NLM ID をクリックすると、出版地、 URLなどのさらに詳しい情報 (Locatorplus) をみることができます。
     また、右上の「Links」をクリックするとメニューが現れます。「PubMed」をクリックするとその雑誌に収録された論文をリストすることができます。
    Journal List

  2. "Search by topic, journal title or abbreviation, ISSN, or browse by subject terms. "の青字部分をクリックすると主題毎の雑誌リストを見ることができます。

  3. Journals Database は PubMed のみならず、 Entrez のデータベースに含まれるすべての雑誌を収載しています。Limit 機能を使って、次の絞り込みができます。
    ○‘Only PubMed journals’ にチェックして検索
    PubMed収録分に限りたいとき
    ○‘Currently indexed in MEDLINE’にチェックして検索
    すでに終刊になった雑誌やタイトルが変わってしまった雑誌などを除いて、現在も出版されているものに限りたいとき

  4. Journals Databaseの画面中、 “Lists of all Entrez journals and those with links to full-text web sites are available .” の青字部分をクリックすると、全文データベースにリンクされている雑誌のABC順リスト、 提供元のABC順リストを見ることができます。

PubMed の収載誌リストや収載誌数については [ 収録誌一覧 ] をご覧ください。


その3へつづく

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