PubMed その1
Last modified 4/Sep/2008
What's New

(2010.2.16) PubMedのダイジェストマニュアルを改訂しました.limits画面の変更などを反映しています。(PDF4.8MB)

(2009.12.8) PubMedのダイジェストマニュアルをリニューアルVerにあわせて改訂しました。

(2009.5.11) PubMedからScience Directへのフルテキストリンクについてのお知らせです。

(2008.8.15) 検索キーワードに薬剤名があると、文献表示(Summery)に Drug Sensor が追加されます。

(2008.8.12) PMID と PMC ID のコンバータができました。

(2008.7.2) Automatic Term Mapping (ATM) が修正されました。

(2008.6.17) 論題(Title)で文献リストの並べ替えができるようになりました。

(2008.5.29) Citation Sensor が書誌事項を検索するようリリースされました。

(2008.5.27) Automatic Term Mapping (ATM) が拡大されました。

(2008.5.15) Advanced Search (Beta version) がリリースされました。

(2008.5.1) Abstract と Citation 形式の文献リスト表示に PubMed Central ID (PMCID) が追加されました。

(2008.5.1) AbstractPlus 形式の文献リスト表示に Related Reviews へのリンクが追加されました。

(2008.4.15) Summery 形式の文献リスト表示から Sidebar menu がなくなりました。近々追加される機能のためです。

(2008.4.3) 検索結果から Send to メニューを使って直接文献を My NCBI Collection に送れるようになりました。

(2008.4.2) Collaborators(研究協力者)名がPubMedデータに追加され、AbstractPlus形式の文献リストからトグル・リンク経由で見ることができます。

(2008.2.12) AbstractPlus 形式の文献リスト表示に PubMed Central ID (PMCID) が追加されました。

(2008.1.10) Current List of Medical Literature (CLML) から1949年の文献 55,557件がOLDMEDLINEに追加されました。ただしこれらのデータにはまだ現行のMeSHは付与されていません

(2007.12.3) MeSH用語が2008年版に更新されました。

(2007.11.9)文献の表示モード Summary, AbstractPlus, Abstract, Citation に発音区別符号が加えられました。

PubMedとは

世界約70カ国、約4,800誌(2004年12月現在)に掲載された医学文献を検索できるデータベースです。1949年以降の文献が収録されています。従来の MEDLINE と基本的には同じデータベースです。 日本の雑誌は約150誌が収録されています。
医学用語や著者、雑誌名等のキーワードから文献を探すことができます。
 米国立医学図書館(National Library of Medicine)が作成しており、1997年よりインターネットでの無料公開が始まりました。
概要や収載誌などの詳細は [ MEDLINEの説明 ] をご覧ください。


 1948年以前の文献については、 IndexCat を使ってください。
  • 収録範囲:1880年から1961年まで。MEDLINEの前身であるIndex-Catalogueのオンライン版。単行書24万冊、学位論文30万件などを含む。

参考:
Fact Sheet PubMed®: MEDLINE® Retrieval on the World Wide Web(PubMed の概要)
PubMed Search Statistics(PubMed の利用統計)
PubMed® Celebrates its 10th Anniversary!


PubMedへのアクセス

 Netscape, Internet Explorer 等のブラウザで、下のURLにアクセスすると、図の画面が開きます。学内外に関わらず、無料で利用できます。契約・登録も必要ありません。

URL http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?otool=ijptoholib
   (東邦大専用 / 利用可能な電子ジャーナルへのアイコンが表示されます)

 または http://pubmed.gov

 PDA用のテキストバージョン
 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/queryd.fcgi
 http://pubmedhh.nlm.nih.gov/nlm/

 PubMed Main Page

参考:

サイドバー(Sidebar)

画面左のサイドバーから 下記の各機能・サイトへアクセスすることができます。

Sidebar


フィーチャータブ(Feature Tabs 旧Features bar)

tab_format

フィーチャータブで 下記の各機能へアクセスすることができます。

検索の実際

 メインページの入力ボックスに、キーワードを入力します。 キーワードは医学用語、著者名、雑誌名等何でもよく、Automatic Term Mapping という機能が働いて、 自動的に検索してくれます。主題、著者名、雑誌名、掛け合わせの入力は次を参考にしてください。 なお、キーワードはスペースで区切りながら入力して下さい。
 キーワードの入力が済んだら 「 Go 」ボタンをクリックします。 すると文献リストが表示されます()。

Query box

文字の入力について

主題からの検索

 思いついたことばを入力してください。入力されたキーワードを論題や抄録から探したり、 MeSHというPubMedの統制語に翻訳して探してくれます。 大文字、小文字はどちらでも構いません。
検索された結果がうまく出ないときは、[ MeSH Databaseの使い方 ]、 [ Preview/Indexの使い方 ]、[ Details:検索式の確認 ]の項を参照してください。
 入力例     creutzfeldt-jakob disease
  aids  
  gamma globulins  

著者名からの検索

名のイニシャル を記入します。大文字、小文字はどちらでも構いません。

 入力例     koizumi j
  o’brien jm  
  adams sh  
  pogonka t  
  St Clair M (St にピリオドは不要)  
  Smith AB 3rd (2d, 3d は 2nd, 3rdと表記)
  van der Vaart JM
  2002年以降出版のものに限り、フルネームも可
  Burstein, Harold J
  Polyak, Kornelia
  

参考:
PubMed's Single Citation Matcher Enhanced: First Author Search and Autocomplete for Journal Titles Added
http://www.nlm.nih.gov/pubs/techbull/mj05/mj05_scm.html
Number of Authors per MEDLINE/PubMed Citation
http://www.nlm.nih.gov/bsd/authors1.html

雑誌名からの検索

 フルタイトル、略誌名、ISSN(国際標準逐次刊行物番号)のいずれかを記入します。
 
 入力例    New England Journal of Medicine
  (ofも必要。Medなど単語を略すと無効。)
 N Engl J Med
 0028-4793
 (真ん中の “-” も必要です。)
 science[ta]
  ( [ta]は検索項目を雑誌名に制限するタグ。
  science だけだと、論題や抄録なども探してしまうため)

なお、[ Journals Databaseの使い方 ]、 または[ Preview/Indexの使い方 ]の項も参照してください。

収載誌リストや収載誌数については [ 収録誌一覧 ] をご覧ください。

Automatic Term Mapping

 
 入力ボックスに記入されたタグのない語は MeSH Translation Table, Journals Translation Table, Full Author translation table, Author Index, Fll Investigator(Collaborator) translation table, Investigator (Collaborator)index の順に突き合わせが行われます。
合うものが見つかるとマッピングプロセスは終了し、次の translation table に移ることは継続されません。
  1. MeSH Translation Table
    MeSH Translation Table には下記が含まれます。

    Translation table に合う語があれば、 その語は MeSH として検索がなされ、さらに All Fields の検索がなされます。
    この検索式の見方は [ 検索式の確認 ] をご覧ください。

  2. Journals Translation Table
    Journals Translation Table には雑誌名のフルスペル、MEDLINEの略誌名、 ISSN(国際逐次刊行物番号)が含まれます。
  3. Full Author translation table
    2002年以降の文献は名前のフルスペルで検索することができます。
    julia s wong でも wong julia s でも検索可。
  4. Author Index
    入力した語が上のどれにもなければ、そして1文字あるいは2文字の語がついていれば、 PubMed は Author Indexをチェックします。
  5. Full Investigator (Collaborator) translation table
  6. Investigator (Collaborator) Index

PubMed では ストップワードが入力されても無視されます。

 

前方一致 (トランケーション)

たとえば 「 bacter* 」 と入力して検索すると、 bacteria, bacterium, bacteriophage など bacter で始まる語をまとめて検索してくれます。 ただし、語幹が同じ最初の600語に限られるので、600以上のパターンがあるものは警告が表示されます。

注意:

  1. アスタリスクの後にスペースが入るものは前方一致に含まれない。
    たとえば、infection* は infections を含むが infection control を含まない。
  2. 前方一致は Automatic Term Mapping 機能を解除する。
    たとえば、 heart attack* は MeSH Term の Myocardial Infarction や より専門語の Myocardial Stunning, Cardiogenic Shock といった語を探しに行ってくれない。

フレーズ検索

PubMedは フレーズとみなされているもののリストを利用して検索しています。多くのフレーズはAutomatic Term Mapping 機能によってフレーズとみなされます。 たとえば、「 poison ivy 」と入力すると、PubMed はこれをフレーズと見なし、 一つの検索語として文献を探します。しかし、適当な検索語が見つからないときはうまくいきません。 たとえば、「 single cell 」と入力して検索すると、single cell は Phrase List にないため、 PubMedは "single" と "cell" を別々に検索して掛け合わせます。 これを回避するためには検索したいフレーズを " " で囲みます(e.g., "single cell")。 "single cell"

Change to PubMed's Automatic Term Mapping Affects Phrase Searching

ストップワード

 a, and, by, for, if, no, of, on, the, to, with など約100語はストップワードみなされ、検索語として入力しても無視されます。 [ ストップワード一覧 ]
 ただし、掛け合わせのための大文字 AND は生かされますし、 Quality of life はフレーズとして認識されます。


掛け合わせ

その1:入力ボックス中に掛け合わせたいキーワードを並べ、「 Go 」ボタンをクリックする




入力例
common cold vitamin c   (主題の掛け合わせ 下記1)
environmental estrogens skakkebaek ne (主題と著者の掛け合わせ 下記1)
common cold AND (vitamin c OR zinc) (論理演算子と( )を使う 下記2)
air AND bladder AND fistula (フレーズ検索の回避 下記3)
environmental pollution[mesh] AND skakkebaek ne[au] (検索項目タグを使った掛け合わせ 下記4)
  1. 掛け合わせたいキーワードや著者名、雑誌名等をスペースで区切って記入します。 PubMed は左から右へ処理を行います。その処理の順番を変えるために ( )を使うこともできます。
  2. 論理積 (AND) を求める場合はキーワードをスペースで区切るだけで検索できますが、 複雑な検索式の場合は AND, OR, NOTを大文字で記入します。
  3. 記入された検索式の中にフレーズがある場合は、個々の語の掛け合わせに優先されます。 たとえば、air bladder fistula と入力されると、PubMedは "air bladder" をフレーズとして検索します。 これを回避するには論理演算子を使います。
  4. 個々のキーワードを検索項目をしぼって掛け合わせたい場合は、次のように記入します ( Limitsの項参照)。
    キーワード[検索項目タグ] 論理演算子(大文字) キーワード[検索項目タグ]


その2: History を使う

[ フィーチャータブ ]の “History”の文字をクリックすると図の画面が開きます。 経過を見ながら検索したり、掛け合わせができます。 「 Go 」ボタンをクリックすると文献リストが表示されてしまうので、掛け合わせの途中では「Preview 」ボタンを使いましょう。 検索結果(Result)の文献数をクリックすると文献リストが表示されます。

上の例は、“Creutzfeldt-Jakob Syndrome”、"prions" という語と、著者名 “prusiner([au]は著者を表すタグ)” を含む文献をそれぞれ検索し、かけ合わせた履歴が表示されています。
このように、検索結果の履歴と論理演算子 AND, OR, NOT を用い、下記の形で検索し直すことができます。


(AND, OR, NOTは大文字で)


文献リストの表示

 図はヒットした文献の内、 最初の20件が表示されています。

文献リストの表示

 初期設定では一つ一つの文献は "Summary" という形式で表示され、論題(青字)、著者名、 収載誌名と刊年・月巻号ページ等のデータで構成されています。収載誌名は略誌名です。検索結果が1件のみの場合は"AbstractPlus" という形式で表示されます。
 抄録を見たいときは [ 抄録付き文献リストの表示 ]をご覧ください。

 なお、「Related Articles」「Links」等のサインについても、 次の[ 抄録付き文献リストの表示 ]をご覧ください。


 各データ最終行 [PubMed ・・・] の意味は次の通りです。
  • [PubMed - as supplied by publisher]
    1. 出版者から最近提供された記事
    2. MEDLINEに収録されない雑誌記事
    3. 出版日以降にMEDLINEへの収録が決まった雑誌の記事
  • [PubMed - in process] 索引作業中(書誌データのチェックや MeSH付与など)
  • [PubMed - indexed for MEDLINE]
    • MEDLINEの収録範囲のもので、
    • MeSHや Publication Types, Registry Numberと共にすでに索引され、
    • 書誌データもすでにチェックされた記事。
  • [PubMed - author manuscript in PMC] NIHの助成を受けた研究でMEDLINEの収録対象外のもの。PubMed Central より提供されたフルテキストデータ。
  • [PubMed] MEDLINE収録対象外の雑誌、MEDLINE収録誌だけれども範囲外の論文、雑誌がMEDLINEへの索引が決まる前に出版された号に掲載された記事、またはMEDLINEの索引がまだ薦められていないPubMed Central 収録誌の論文
  • [PubMed - OLDMEDLINE] OLDMEDLINEの収録分

 文献は一番最近 PubMed に収録されたものから順にリストされますので、たいていは出版年月日の新しい文献から古いものの順でリストされますが、時に過去の文献が収録されるとそれが新しい文献の前にリストされることになります(Why Citations to Older Articles May Display Before More Recent Ones in PubMed)。

抄録付き文献リストの表示

Format

抄録の付与率は全体の約80%です。また1975年以降に発行された文献のみです。「No abstract available.」とあるものは抄録がデータに含まれません。

全文その他の情報リンク

Abstract” または“AbstractPlus”、“Citation”の表示形式にすると(前項抄録付き文献リストの表示参照)、多くの論文に図のような電子ジャーナルその他の情報へのリンクアイコンが表示されます。

LinkOut


電子ジャーナルや所蔵情報、参照情報へのリンクアイコン一覧

このアイコンがついているものは基本的に利用できます(学内のみ)。 詳しくは [ PubMed から電子ジャーナルへの東邦大学専用アイコン ] をご覧ください。
このアイコンをクリックすると印刷版雑誌の所蔵状況を表示します。ただし、次の点にご注意ください。
  • 欠号には対応していません。
  • 巻・号によっては習志野メディアセンター所蔵のものがありますので、蔵書検索システム(OPAC)またはセンター内の雑誌目録でご確認ください。
  • 誌暦の取り方がPubMedと違うものは表示されないものがあります。
フルテキストデータあるいは抄録へのリンク。アイコンは雑誌やその提供元により異なります。
フルテキストデータには無料で利用できるもの、それぞれの提供元との特別な契約が必要なもの、 クレジットカードの支払いにより個別に利用できるものなどがあります。
当センターで利用できる雑誌かどうかは [ 電子ジャーナル] のページをご覧ください。
PubMed Central より提供されたフルテキストデータ。無料利用可。
PubMed Central より提供されたフルテキストデータ。NIHの助成を受けた研究。無料利用可。

参照:
  • PubMed Links to Author Manuscripts in PubMed Central
    http://www.nlm.nih.gov/pubs/techbull/ja05/ja05_manuscripts_pmc.html
  • Policy on Enhancing Public Access to Archived Publications Resulting from NIH-Funded Research
    http://grants.nih.gov/grants/guide/notice-files/NOT-OD-05-022.html
  • NIHパブリックアクセス方針義務化によりPMC登録数は大幅増(カレントアウェアネス)
    http://current.ndl.go.jp/node/8395
Related Articles PubMedのシステムが自動的に判断して関連文献をリストアップします(Computation of Related Articles
Linksをクリック → Cited in Books 表示されている論文が Bookshelf に収載された単行書で引用されたものである場合、その単行書の引用文献リストにリンクしている。
→ Protein Entrez に含まれる他のデータベース、“Protein”の関連データをリストアップします
→ Nucleotide Entrez に含まれる他のデータベース、“Nucleotide”の関連データをリストアップします
→ LinkOut その文献へのリンクをカテゴリー別などにして見ることができる。 カスタマイズ可。 詳細はメディアセンターへお問い合わせください。
→ Cited in PMC その文献を引用している論文(Citing Articles)を見ることができる(PubMed Central 収録論文限定)。
→ Cited Articles その文献が引用している論文(Cited Articles)を見ることができる(PubMed Central 収録論文限定)。

Sort(文献リストの並べ替え)

 文献リストが表示されている画面では、著者、雑誌名(略誌名)、発行順に並べ替えることができます。 "Sort"のプルダウンメニューから “Pub Date(発行日順)”、“First Author(筆頭著者名順)”や“Last Author(ラストオーサー名順)”、“Journal(雑誌名順)”、 “Title(論題)”を選ぶと、並べ替えが実行されます。
 なお、“First Author”や“Last Author”、Journal”を選んだときに同じ著者、雑誌の文献は発行日順に、 “Pub Date”を選んだときに同じ発行日のものは雑誌順になります。

印字 その1(「Send to」 Printer)

画面をそのまま印刷しても良いのですが、「Send to」Printer を使うと操作の効率がよく、プリンターのインクも節約できます。

文献を選択してリストを印字する

  1. 文献の左のボックスにチェックします。ページを替えてもこのチェックは記憶されます。
  2. 選んだ文献が21件以上の場合は “20” のプルダウンメニューから件数を切り替えます。
  3. 抄録が必要な場合は、“Summary”のプルダウンメニューから “Abstract” に切り替えます。
  4.  "Sort"のプルダウンメニューで並べ替えができます。[ → Sort(並べ替え) ]
  5. "Send to"のプルダウンメニューから、「Printer 」をクリックすると、選んだ文献が Text 表示でリストされます。
  6. 「 Print this page 」 ボタンをクリックして印字します。

検索した文献リストのすべてを印字する

  1. そのまま印刷機能を使うと最初の画面のみを印字しますので、 文献が21件以上の場合は “20” のプルダウンメニューから件数を切り替えます。
  2. 抄録が必要な場合は、“Summary”のプルダウンメニューから “Abstract” に切り替えます。
  3.  "Sort"のプルダウンメニューで並べ替えができます。[ → Sort(並べ替え) ]
  4. "Send to"のプルダウンメニューから、「Printer 」をクリックすると、文献が Text 表示でリストされます。
  5. 「 Print this page 」 ボタンをクリックして印字します。

印字 その2(「Send to」 Text)

画面をそのまま印刷しても良いのですが、「Send to」Text を使うと操作の効率がよく、プリンターのインクをもっとも節約できます。

文献を選択してリストを印字する
  1. 文献の左のボックスにチェックします。ページを替えてもこのチェックは記憶されます。
  2. 選んだ文献が21件以上の場合は “20” のプルダウンメニューから件数を切り替えます。
  3. 抄録が必要な場合は、“Summary”のプルダウンメニューから “Abstract” に切り替えます。
  4.  "Sort"のプルダウンメニューで並べ替えができます。[ → Sort(並べ替え) ]
  5. "Send to"のプルダウンメニューから、「Text 」をクリックすると、選んだ文献が Text 表示でリストされます。
  6. ブラウザの印刷機能を使って印字します。
検索した文献リストのすべてを印字する
  1. そのまま印刷機能を使うと最初の画面のみを印字しますので、 文献が21件以上の場合は “20” のプルダウンメニューから件数を切り替えます。
  2. 抄録が必要な場合は、“Summary”のプルダウンメニューから “Abstract” に切り替えます。
  3.  "Sort"のプルダウンメニューで並べ替えができます。[ → Sort(並べ替え) ]
  4. "Send to"のプルダウンメニューから、「Text 」をクリックすると、文献が Text 表示でリストされます。
  5. ブラウザの印刷機能を使って印字します。

ダウンロード (「Send to」 File)

最大 10,000件の文献リストをダウンロードできます。

文献を選択してリストをダウンロードする
  1. 文献の左のボックスにチェックします。ページを替えてもこのチェックは記憶されます。
  2. 抄録が必要な場合は、“Summary”のプルダウンメニューから “Abstract” に切り替えます。
  3.  "Sort"のプルダウンメニューで並べ替えができます。[ → Sort(並べ替え) ]
  4. "Send to"のプルダウンメニューから「 File 」をクリックします。
  5. メッセージに従って操作します。
検索した文献リストのすべてをダウンロードする
  1. 抄録が必要な場合は、“Summary”のプルダウンメニューから “Abstract” に切り替えます。
  2.  "Sort"のプルダウンメニューで並べ替えができます。[ → Sort(並べ替え) ]
  3. "Send to"のプルダウンメニューから「 File 」をクリックします。
  4. メッセージに従って操作します。

メール転送 (「Send to」 E-mail)

最大 500件の文献リストをメール転送できます。

文献を選択してリストをメール転送する

  1. 文献の左のボックスにチェックします。ページを替えてもこのチェックは記憶されます。
  2. 抄録が必要な場合は、“Summary”のプルダウンメニューから “Abstract” に切り替えます(「 E-mail 」の画面でもできます)。
  3.  "Sort"のプルダウンメニューで並べ替えができます。[ → Sort(並べ替え) ](「 E-mail 」の画面でもできます)
  4. "Send to"のプルダウンメニューから「 E-mail 」をクリックします。
  5. E-mail 」の画面のメッセージに従って操作します。
  6. 追って、指定したメールアドレス宛に差出人が Sent by NCBI <nobody@ncbi.nlm.nih.gov>、"Subject" が PubMed Search Resultsという形で文献リストが送信されます。このメールには返信をしないようご注意ください。

検索した文献リストのすべてをメール転送する

  1. 抄録が必要な場合は、“Summary”のプルダウンメニューから “Abstract” に切り替えます(「 E-mail 」の画面でもできます)。
  2.  "Sort"のプルダウンメニューで並べ替えができます。[ → Sort(並べ替え) ](「 E-mail 」の画面でもできます)
  3. "Send to"のプルダウンメニューから「 E-mail 」をクリックします。
  4. E-mail 」の画面のメッセージに従って操作します。
  5. 追って、指定したメールアドレス宛に差出人が Sent by NCBI <nobody@ncbi.nlm.nih.gov>、"Subject" が PubMed Search Resultsという形で文献リストが送信されます。このメールには返信をしないようご注意ください。

「Send to 」のプルダウンメニュー

   "Send to"のプルダウンメニューから目的を選んでクリックすると、それぞれ次の操作が行われます。 印字とダウンロードで [ 抄録付き文献リストの表示 ] や[ Sort(並べ替え)]が必要な時は、この操作の前に行います。

"Text" 画面に表示されている文献リストが Text 表示になります。 [ 印字 その2 (「Send to」 Text) ] も参考になさってください。
"File" 文献リストがダウンロードされます
"Printer" プリント用のページを表示してくれる機能です。詳しくは [ 印字 その1 (「Send to」 Printer) ] をご覧ください。
"Clipboard" 文献リストがクリップボードに移されます。 詳しくは [ Clipboard ]をご覧ください。
"Collections" 画面に表示されている文献リストを直接 My NCBI Collection に送れます。
"E-mail" 文献リストのメール転送機能に入ります
"RSS Feed" 一度実行した検索式を用いて、新しい文献のリストを配信させることができます。
"Order" 外部機関を通じて文献の複写依頼ができます(有料)。 詳しくは [ こちら ]をご覧ください。


その2へつづく

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